生物除臭劑是將篩選的除臭微生物固定在載體上，制成一定的劑型，通過一定的途徑將有害惡臭氣體氧化降解，從而達到有害氣體的無害化處理。在堆肥過程中還可調節菌群結構、提高微生物活性，從而加速堆肥腐熟、縮短發酵周期，減少氨氣和硫化氫等惡臭氣體的排放，是解決目前堆肥除臭關鍵性問題的研究熱點之一。
生物除臭劑的除臭過程是氣體擴散和生化反應的綜合過程，其作用機理可分為3個階段：
第一階段，惡臭氣體成分與水接觸，溶于水或粘附于水體表面；
第二階段，溶于水的惡臭成分經微生物的吸附作用，被吸收進入細胞內；不溶于水的臭氣分子先附著于微生物體表，通過微生物分泌細胞外酶分解為可溶性物質，再被吸收進入細胞內；
第三階段，微生物利用惡臭成分進行代謝作用，將惡臭成分作為營養物質進行分解利用，進而消除臭味。
目前，微生物除臭主要是針對NH3和H2S的降解。NH3的降解主要是通過其在有氧條件下將NH3轉化成硝酸鹽，最終在兼性厭氧環境中將硝酸鹽還原為無害的N2排人大氣。而有硫氣體如甲硫醇，可先通過異養型微生物轉化成H2S，H2S在一定條件下可氧化生成硫酸根，從而使有害氣體轉化為無害物質。
從除臭微生物的使用方式來說，微生物除臭主要以以下幾個方向被用來除臭。
（1）飼料中添加除臭微生物，畜禽養殖過程中飼用微生物制劑。其原理是飼料中添加的微生物菌屬可以利用自身的生理代謝作用將動物體內的NH3、H2S、CH4等有害氣體消化吸收，使其轉化為有利用價值的營養物質被動物體吸收利用，使動物糞便中的有害成分減少，從而降低有害氣體的產生。
（2）畜禽糞堆肥過程中添加微生物復合菌劑。有研究表明，用不同動物糞肥堆腐物挑選出的耐高溫菌制成微生物復合菌劑添加到畜禽糞肥中可以有效降低NH3的合成。城市垃圾場中分離出的含芽孢桿菌、無色菌屬、溶藻菌屬等菌株的復合微生物除臭菌劑可有效清除動物糞便中的NH3含量，具有良好的除臭效果。
（3）將除臭微生物噴灑于畜禽養殖場內。其原理是噴灑在地面上的有益微生物在生長時會將糞便中的NH3、H2S等有害氣體作為營養物質吸收利用，從而減少養殖場內的有害氣體，保護養殖環境。
